Клиниката по гастроентерология е основана на 01.07.1973 г.

Първоначално е била разположена на територията на Александровска болница, а от 1978 г. е в сградата на болницата на бул. “Акад. Ив. Гешов” 15, понастоящем УМБАЛ „Св. Иван Рилски”.

Включена е в състава на Катедрата по вътрешни болести, МФ-София.

От 1985 г. до 2009 г. е ръководена от проф. З. Кръстев. Понастоящем ръководител на клиниката е проф. Л. Матева.